Supravegherea rezistenței la antimicrobiene bazată pe tehnologia metagenomică

Abstract

Rezumat. Introducere. Rezistența la antimicrobiene (RAM) este o amenințare majoră pentru sănătatea publică, determinată de utilizarea excesivă a antimicrobienelor. Prevalența bacteriilor rezistente la antibiotice (BRA) și a genelor de rezistență (GRA) transferate vertical sau orizontal în microbiom devine o problemă globală. Provocările cu care se confruntă sistemul medical în supravegherea RAM a condus la dezvoltarea de noi tehnologii de biologie moleculară – secvențierea metagenomică. Material și metode. Reviul narativ a fost efectuat prin selectarea informațiilor esențiale, folosind articole integrale de pe pagina web PubMed, de tip reviu sistematic și meta-analiză, publicate în anii 2019-2024, privind RAM și metagenomica. Din 91 surse relevante, selectate în baza criteriilor stabilite, au fost selectate 21 de articole originale. Rezultate. Algoritmul de identificare a BRA se bazează pe metoda culturală, însă unii determinanți ai rezistenței precum ADN-ul liber al GRA se află în afara genomului bacterian și poate fi transferat vertical și orizontal în cadrul genomului. Secvențierea întregului genom (WGS) și secvențierea metagenomică a BRA este din ce în ce mai utilizată pentru supravegherea RAM. Avantajele tehnologiei metagenomice de profilare RAM sunt detectarea noilor variante GRA direct din specimene. WGS oferă rezoluție înaltă pentru identificarea speciilor din prelevat, potențialului de virulență și elementelor genetice ce conferă RAM, însă se referă la un singur izolat bacterian și este dificil de utilizat pentru analiza comunității microbiene. Metagenomica oferă informații și rezoluție taxonomică mai detaliată, prin secvențierea tuturor genomilor microbieni dintr-un specimen și permite analiza segmentelor de ADN a unei comunități microbiene. Inovațiile în tehnologiile de secvențiere și analiză a genomului sunt promițătoare pentru supravegherea RAM, cu toate acestea, utilizarea de rutină este o provocare, în special în țările cu venituri mici și medii. La moment, în Republica Moldova tehnologia metagenomică este în proces de implementare. Concluzii. (1) Tehnologiile bazate pe secvențiere metagenomică oferă posibilitatea de a studia comunitățile microbiene până la nivelul tulpinilor individuale dintr-o specie, permite accesul la datele genomice dintr-o probă umană sau de mediu fără a fi necesară izolarea și cultivarea microorganismelor înainte de analiză. (2) Identificarea unei anumite tulpini dintr-un specimen facilitează diagnosticul și tratamentul clinic sau caracterizarea acestor tulpini în mediu. (3) În Republica Moldova tehnologiile moleculare de metagenomică prezintă interes pentru implementare, în pofida provocărilor privind personalul și costul acestor investigații.