http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/32504 2026-04-19T17:49:47Z 2026-04-19T17:49:47Z CADAR, Dániel http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/32511 2026-01-26T11:29:01Z 2026-01-01T00:00:00Z

Metagenomics at the interface of diagnostics and surveillance: a near-term perspective CADAR, Dániel Introduction The global landscape of infectious diseases is undergoing rapid and profound change. Increased human mobility, climate-driven shifts in vector ecology, intensified human-animal-environment interactions, and geopolitical instability have collectively amplified the risk of emerging and re-emerging infectious diseases. At the same time, public health systems are increasingly confronted with pathogens that are unexpected, genetically diverse, or poorly represented in existing diagnostic panels. These developments highlight the growing limitations of exclusively targeted diagnostic approaches and underscore the need for broader, more adaptive tools. In this context, metagenomic sequencing has emerged as a transformative technology. By enabling unbiased detection and genomic characterization of pathogens directly from clinical, environmental, or animal samples, metagenomics offers capabilities that extend far beyond conventional diagnostics. While historically confined to research and outbreak investigations, metagenomics is now approaching a level of maturity that warrants serious consideration for integration into routine diagnostics and risk-oriented surveillance frameworks.

2026-01-01T00:00:00Z Cepoi, Liliana Rudi, Ludmila Chiriac, Tatiana Miscu, Vera Plîngău, Ecaterina http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/32510 2026-01-26T11:23:47Z 2026-01-01T00:00:00Z

Astaxanthin and cellular metabolites production in Haematococcus lacustris exposed to silver nanoparticles Cepoi, Liliana; Rudi, Ludmila; Chiriac, Tatiana; Miscu, Vera; Plîngău, Ecaterina Abstract. Introduction Silver nanoparticles (AgNPs) can modulate microalgal metabolism in a dose-dependent and stage-specific manner. Haematococcus lacustris, a key astaxanthin-producing microalga, is highly sensitive to environmental stressors that regulate the transition from the green vegetative stage to the red aplanospore stage. Material and methods The effects of 10 nm and 20 nm citrate-stabilized AgNPs (0.01–5 mg L-1) were assessed on biomass, cellular metabolites, photosynthetic pigments, lipids, and astaxanthin. Nanoparticles were introduced on day 3, with analyses performed at the end of the green (day 9) and red stages (day 16). Results Low to moderate AgNPs concentrations (0.01–1 mg L-1) increased biomass, proteins, carbohydrates, and lipids during the green stage, while 5 mg L-1 inhibited growth and pigments and elevated MDA levels. In the red stage, all concentrations reduced final biomass; however, 10 nm AgNPs at 0.01– 0.5 mg L-1 boosted astaxanthin (by up to ~30%) and lipids (by up to ~96%). Higher doses, along with all 20 nm AgNP treatments, suppressed astaxanthin accumulation. Conclusions H. lacustris exhibits a hormetic response to AgNPs: mild exposure stimulates key metabolites, while higher concentrations become inhibitory. Nanoparticle size, dose, and timing are crucial for precisely directing metabolic pathways and improving astaxanthin yield.; Abstract Introducere Nanoparticulele de argint (AgNPs) pot modula metabolismul microalgelor într-un mod dependent de concentrație și de stadiul fiziologic. Haematococcus lacustris, un important producător de astaxantină, prezintă o sensibilitate sporită la factorii de stres care reglează tranziția de la faza de celule verzi vegetative la cea de aplanospori roșii. Material și metode Au fost evaluate efectele AgNP-urilor de 10 nm și 20 nm (0,01–5 mg L-1) asupra biomasei, metaboliților celulari, pigmenților fotosintetici, lipidelor și astaxantinei. Nanoparticulele au fost adăugate în ziua a 3-a, iar analizele au fost efectuate la sfârșitul fazei de celule vegetative (ziua a 9-a) și al fazei de aplanospori (ziua a 16-a). Rezultate Concentrațiile mici și moderate de AgNPs (0,01–1 mg L-1) au stimulat biomasa, proteinele, carbohidrații și lipidele în faza de celule vegetative, în timp ce 5 mg L-1au inhibat creșterea și conținutul de pigmenți și au crescut nivelul MDA. În faza de aplanospori, toate concentrațiile au redus biomasa finală; totuși, AgNP de 10 nm la 0,01–0,5 mg L-1 au intensificat sinteza de astaxantină (până la ~30%) și de lipide (până la ~96%). Dozele mai mari și toate tratamentele cu AgNPs de 20 nm au redus semnificativ astaxantina. Concluzii H. lacustris manifestă un răspuns hormetic la AgNPs: expunerea moderată stimulează metaboliții valoroși, în timp ce concentrațiile ridicate devin inhibitoare. Dimensiunea nanoparticulelor, doza aplicată și durata expuneriit constituie factori determinanți în modularea controlată a metabolismului celular și în optimizarea producției de astaxantină.

2026-01-01T00:00:00Z Secu, Doina Blăniță, Daniela Ușurelu, Natalia Sacară, Victoria http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/32509 2026-01-26T11:16:16Z 2026-01-01T00:00:00Z

Clinical, biochemical, and genetic distinctions in patients with mitochondrial involvement versus other genetic disorders Secu, Doina; Blăniță, Daniela; Ușurelu, Natalia; Sacară, Victoria Abstract Introduction Mitochondrial diseases are clinically and genetically heterogeneous disorders characterized by respiratory chain dysfunction, often mimicking other multisystem genetic conditions, necessitating an integrated clinical, biochemical, and molecular diagnosis. This study aims to compare the clinical, biochemical, and genetic profiles of patients with mitochondrial involvement and those with other inherited genetic disorders. Material and methods We analyzed 81 patients with suspected mitochondrial disease (Nijmegen Mitochondrial Disease Score ≥3), categorized into Group 1 (mitochondrial involvement) and Group 2 (other inherited disorders). Clinical, biochemical, instrumental, and molecular evaluations were performed using qPCR-HRM and Sanger sequencing, with data analyzed through descriptive statistics and nonparametric tests. Results Group 1 showed significantly higher rates of severe neuromuscular impairment, skill regression, ocular abnormalities, elevated plasma lactate and alanine, and characteristic neuroimaging findings, including basal ganglia abnormalities and cerebral-cerebellar atrophy. Genetic analysis identified phenotype-associated mutations in 32 patients, primarily affecting Complex I and V subunits and mitochondrial RNA genes, often involving multiple respiratory chain sites. Group 2 comprised a range of genetically confirmed non-mitochondrial disorders, identified through targeted genomic testing. Conclusions This study highlights the crucial role of integrated clinical, biochemical, and genomic approaches, emphasizing the importance of comprehensive molecular testing and multidisciplinary evaluation in addressing the diagnostic complexities of overlapping genetic disorders.; Abstract Introducere Bolile mitocondriale reprezintă tulburări clinice și genetice eterogene, caracterizate prin disfuncția lanțului respirator, frecvent mimând alte afecțiuni genetice multisistemice, ceea ce impune un diagnostic integrat clinic, biochimic și molecular. Acest studiu își propune să compare profilurile clinice, biochimice și genetice ale pacienților cu afectare mitocondrială și ale celor diagnosticați cu alte boli genetice ereditare. Material și metode Au fost analizați 81 de pacienți cu suspiciune de boală mitocondrială (Scor clinic Nijmegen ≥3), împărțiți în două grupuri-țintă: grupul 1 (afectare mitocondrială) și grupul 2 (alte afecțiuni ereditare). Evaluările clinice, biochimice, instrumentale și moleculare au inclus qPCR-HRM și secvențierea Sanger, iar datele au fost analizate prin statistica descriptivă și teste neparametrice. Rezultate Grupul 1 a prezentat rate semnificativ mai mari de afectare neuromusculară severă: pierderea achizițiilor motorii, anomalii oculare, lactat și alanină plasmatică crescute, precum și modificări neuroimagistice caracteristice (afectarea ganglionilor bazali, atrofie cerebrală și cerebeloasă). Testele genetice au identificat mutații asociate fenotipului la 32 dintre pacienți, predominant în subunitățile Complexelor I și V și genele ARN mitocondrial, adesea cu implicare concomitentă a mai multor complexe respiratorii. Grupul 2 a inclus o varietate de afecțiuni genetice non-mitocondriale, confirmate prin teste genomice țintite. Concluzii Studiul subliniază rolul esențial al abordării integrate clinic, biochimic și genomic, accentuând testarea moleculară completă și evaluarea multidisciplinară pentru a depăși complexitatea diagnosticului în afecțiunile genetice suprapuse.

2026-01-01T00:00:00Z Matevska, Gala Boshevska, Golubinka Jancheska, Elizabeta Karevska, Teodora Vukovikj, Maja http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/32508 2026-01-26T10:54:57Z 2026-01-01T00:00:00Z

Single nucleotide polymorphism test for rapid detection of SARS-CoV-2 linеages in the Republic of North Macedonia Matevska, Gala; Boshevska, Golubinka; Jancheska, Elizabeta; Karevska, Teodora; Vukovikj, Maja Abstract Introduction The coronavirus pandemic represents one of the most significant medical crises in recent history; therefore, rapid virus detection has become a critical component of public health practice. As the virus has undergone continuous mutations, the emergence of new variants has resulted in altered transmission dynamics, changes in disease severity, and implications for diagnostic testing. Although genomic sequencing is the most effective method for mutation detection, it remains time-consuming and expensive process. Aim To present a testing algorithm and evaluate the use of single nucleotide polymorphism (SNP) melting curve PCR for the detection of SARS-CoV-2 lineages, which may inform modifications in public health control and preventive measures, as well as potential adjustments to PCR-based diagnostic tests. Material and methods RNA extracted from 140 SARS-CoV-2 positive samples received in the National Reference Laboratory for Virology, at the Institute of Public Health – Skopje as part of the COVID-19 surveillance system where Ct value ≤ 25 were subjected to SNP testing. Results Analysis of 140 SARS-CoV-2–positive samples collected between January and September 2022 using SNP testing revealed a predominance of the BA.4/BA.5 Omicron sublineages, accounting for 55.7% of cases. Conclusions Targeted SNP assays enable rapid and accurate detection of mutations associated with specific SARS-CoV-2 Omicron sublineages, facilitating early identification of emerging variants. These results may subsequently be subjected to further investigation, ultimately contributing to an improved public health response.; Abstract Introducere Pandemia de coronavirus reprezintă una dintre cele mai mari crize medicale din ultima vreme, prin urmare, detectarea rapidă a virusului a devenit o normalitate. Pe măsură ce virusul a suferit mutații, apariția de noi variante a dus la modificări ale dinamicii de transmitere și ale severității bolii, precum și remanieri în utilizarea testelor de diagnostic. Cea mai eficientă modalitate de a detecta mutațiile este secvențierea, care este un proces de durată și costisitor. Scop Prezentarea unui algoritm de testare și elaborare a utilizării PCR cu curbă de topire a polimorfismului cu un singur nucleotid (SNP) pentru detectarea tulpinilor SARS-CoV-2, ceea ce poate duce la modificarea măsurilor de control al sănătății publice și a măsurilor preventive, dar și la posibile modificări ale testelor PCR, utilizate pentru detectarea SARS-CoV-2. Material și metode ARN-ul extras din 140 de probe pozitive la SARS-CoV-2 recepționate în Laboratorul Național de Referință pentru Virusologie, la Institutul de Sănătate Publică - Skopje, ca parte a sistemului de supraveghere a COVID-19, unde valoarea Ct ≤ 25 a fost supusă testării SNP. Rezultate Analiza a 140 de probe pozitive la SARS-CoV-2 din ianuarie până în septembrie 2022, utilizând testarea SNP, a identificat o prezență dominantă a subtulpinilor BA.4/BA.5 Omicron, reprezentând 55,7% dintre cazuri. Concluzii Testele SNP specifice permit detectarea rapidă și precisă a mutațiilor legate de o subtulpină specifică a SARS-CoV-2 Omicron, ajutând la identificarea timpurie a variantelor emergente. Rezultatele obținute pot fi supuse, ulterior, unor examinări suplimentare, ceea ce ar putea genera un coeficient mai mare a cazurilor depistate.

2026-01-01T00:00:00Z