http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/8218 2026-07-08T08:59:35Z 2026-07-08T08:59:35Z Burlac, Veronica Burduniuc, Olga Colac, Svetlana Iaconi, Oana-Simina Bucov, Victoria Lupu, Marina Iliev, A.-M. http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/33411 2026-06-26T13:09:35Z 2025-01-01T00:00:00Z

Metagenomics sequencing in infection diagnosis: clinical applications Burlac, Veronica; Burduniuc, Olga; Colac, Svetlana; Iaconi, Oana-Simina; Bucov, Victoria; Lupu, Marina; Iliev, A.-M. By performing a literature review, to identify categories of patients in whom metagenomics sequencing has demonstrated potential clinical relevance in the diagnosis of infections, highlighting the practical applications, benefits and limitations of this method in the context of different clinical scenarios for further adaptation of clinical and laboratory diagnostic protocols. The study is descriptive and analytical. A literature review was conducted, using literature from open access databases. English language papers relevant to the proposed research topic published in the last 5 years were selected according to the inclusion criteria.Metagenomics sequencing (mNGS) is an innovative technology that has revolutionized traditional clinical diagnostics on multiple levels. It can be used for the simultaneous identification of multiple pathogens such as bacteria, viruses, fungi and parasites in clinical samples. The application of metagenomics would bring considerable benefits even in cases of rare infections with unknown etiology or pathogens that are difficult to culture. This study demonstrates how this new technology can be used for meaningful clinical diagnostics in microbiology. Patients with lower respiratory tract infections represent a category of patients for whom the use of mNGS brings several benefits, this technology has an overall higher sensitivity for pathogen detection compared to the culture method and is a necessary complement to conventional microbiologic tests. Sepsis is a major public health challenge and the use of mNGS for this category of patients can shorten the total hospitalization time and reduce mortality. Metagenomics sequencing technology is also useful for patients with central nervous system infections, the use of mNSG for those patients has a higher detection rate but the highest diagnostic yield is observed when combining mNGS with conventional methods. Metagenomics offers significant benefits in the detection of pathogens also in patients with deep cervical space abscesses, with a superior detection rate and sensitivity, allowing early initiation of antimicrobial therapy, improved prognosis and reduced consumption of medical resources. Metagenomics provides a complete, rapid and accurate identification of pathogens, significantly improving treatment, mainly when traditional methods are insufficient. Based on the studies presented in this article we can conclude that the application of metagenomics for patients with lower respiratory tract infections, sepsis, central nervous system infections and cervical deep space infections has a very high potential to reduce morbidity, mortality and health care costs.

2025-01-01T00:00:00Z Colac, Svetlana Sîtnic, Victor Burduniuc, Olga http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/33410 2026-06-26T11:19:39Z 2024-01-01T00:00:00Z

Genomic surveillance of wastewater for SARS-CoV-2 detection in the Republic of Moldova Colac, Svetlana; Sîtnic, Victor; Burduniuc, Olga This research study explored the diversity and prevalence of SARS-CoV-2 genetic lineages in wastewater samples collected from the Chişinău wastewater treatment plant in the Republic of Moldova between September and November 2024. A total of 23 samples were analysed using Illumina sequencing technology. Although the overall quality of the sequencing data was suboptimal due to limited genomic coverage, the analysis identified 32 genetic lineages based on the Pango Lineages classification. The most common variants detected included B.1.177.66, B.1.1.243, and B.1.160.32. The study emphasises the importance of optimising the RNA extraction process from wastewater to improve genome coverage and data accuracy. These findings provide a foundation for future investigations involving sequencing genetic material obtained from environmental samples, suggesting the applicability of wastewater surveillance to other types of pathogens or assessing the resistome through metagenomic technology.; În cadrul prezentului studiu a fost evaluată diversitatea și abundența liniilor genetice ale virusului SARSCoV-2 în probe de ape uzate colectate la stația de epurare din Chișinău, Republica Moldova în perioada septembrie - noiembrie 2024. Au fost analizate 23 probe de ape reziduale utilizând secvențierea prin tehnologia Illumina. Deși calitatea generală a datelor de secvențiere a fost suboptimală, acoperirea genomică fiind redusă, studiul a permis identificarea a 32 linii genetice conform clasificării Pango Lineages. Printre cele mai abundente variante s-au numărat B.1.177.66, B.1.1.243 și B.1.160.32. În scopul îmbunătățirii acoperirii genomice și acurateții rezultatelor, în lucrare este subliniată importanța optimizării etapei de extracție a ARNului din ape uzate. Studiul oferă premise pentru viitoare investigații privind secvențierea materialului genetic obținut din probe de mediu, sugerând astfel aplicabilitatea monitorizării apelor uzate la alte tipuri de patogeni sau la evaluarea rezistomului prin tehnnologia metagenomică.

2024-01-01T00:00:00Z Colac, Svetlana Burduniuc, Olga Apostol, Mariana Druc, Alina http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/33409 2026-06-26T10:50:31Z 2024-01-01T00:00:00Z

Genetic significance and tracking of circulating SARS-CoV-2 variants in the Republic of Moldova Colac, Svetlana; Burduniuc, Olga; Apostol, Mariana; Druc, Alina Tracking the circulating variants of the SARS-CoV-2 virus and identifying new genetic variations provide a high-resolution perspective with many advanced applications, ranging from developing diagnostic tests and vaccines to real-time data for public health measures. This study aimed to investigate and assess the genetic variants of SARS-CoV-2 circulating in the Republic of Moldova to improve COVID-19 response strategies. A retrospective descriptive study was carried out in the National Public Health Agency virology laboratory. The study analysed 417 biological samples collected from patients infected with COVID-19, with SARS-CoV-2 presence confirmed by molecular biology techniques (Reverse transcription polymerase chain reaction (RTPCR)). Viral fragment sequencing was performed via the Ion Torrent Genexus sequencer, Pangolin, and GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) software. The Omicron variant underwent multiple genetic changes throughout 2022. Thus, these changes were divided into four distinct periods of SARS-CoV-2 genome evolution. The first period (January–March) was characterized by the predominance of BA.1* and its subvariants; the second period (March–June) by the predominance of the BA.2* sublineage and its subvariants; the third period (June–October) by the predominance of BA.4*/BA.5* and their subvariants; and, finally, in the fourth-period various sublineages, including BQ.1*, BN.1*, CC.1*, and XBB.1.5, became predominant. In conclusion, the implementation of advanced SARS-CoV-2 genome sequencing technologies in the Republic of Moldova has proven the importance of detecting novel viral mutations and their impact on the epidemic progression of the COVID-19 infection.; Monitorizarea variantelor circulante a virusului SARS-CoV-2 și detectarea apariției noilor variante genetice permite obținerea unei imagini de înaltă rezoluție, cu multiple aplicații avansate, de la dezvoltarea testelor de diagnostic și vaccinuri, până la informarea în timp real, asupra măsurilor de sănătate publică. Scopul studiului a fost cercetare și monitorizarea variantelor genetice ale virusului SARS-CoV-2 circulante în Republica Moldova în vederea perfecționării măsurilor de răspuns la COVID-19. A fost efectuat un studiu descriptiv retrospectiv în baza datelor laboratorului virusologic din cadrul Agenției Naționale pentru Sănătate Publică (Republica Moldova). Pentru studiu dat au fost analizate 417 probe biologice colectate de la pacienți cu infecția COVID-19, prezența virusului SARS-CoV-2 a fost confirmat prin tehnici de biologie molecură (RT-PCR). Secvențierea fragmentelor a fost efectuată cu secvențiatorul Ion Torrent Genexus și utilizarea programelor Pangolin și GISAID (Inițiativa globală privind partajarea tuturor datelor despre gripă). Varianta Omicron a suferit multe schimbări genetice pe tot parcursul anului 2022. Astfel, se poate distinge patru perioade de importanță semnificativă a schimbării genomului virusului SARS-CoV-2: prima perioada – ianuarie – martie predominarea BA.1* cu descendenții săi, a doua perioada – martie – iunie cu predominarea subliniei BA.2* cu descendenții, iar a treia perioada lunile iunie – octombrie predominarea BA.4*/ BA.5* cu descendenții și prin urmare a patra perioada - predominarea diverselor sublinii - BQ.1*, BN.1*, CC.1*, XBB.1.5. În concluzie, datorită implementării în Republica Moldova a noilor tehnologii privind secvențierea genomului virusului SARS-CoV-2 s-a demonstrat importanța cunoașterii procesului de apariție a mutațiilor noi de virus și influența acestora asupra procesului epidemic al infecției COVID-19.

2024-01-01T00:00:00Z Zariciuc, Elena http://repository.usmf.md:80/xmlui/handle/20.500.12710/8331 2020-03-30T10:32:03Z 2018-01-01T00:00:00Z

INFLUENȚA UNOR COMPUȘI CHIMICI NOI ASUPRA PROCESELOR ENZIMATICE LA ESCHERICHIA COLI ȘI STAPHYLOCOCCUS AUREUS Zariciuc, Elena În articol sunt prezentate rezultatele testării in vitro a acțiunii unor compuși noi asupra activității proteazelor extracelulare și enzimelor antioxidante catalaza și superoxid dismutaza extra- și intracelulare la Staphylococcus aureus ATCC®25922™, precum și a enzimelor antioxidante la Escherichia coli ATCC®25923™. Concentrațiile minime de inhibiție ale enotaninei solubile și compușilor chimici noi, care conțin segmentul tiosemicarbazonic se manifestă ca inhibitori puternici ai activității factorilor de patogenitate intra- și extracelulari la ambele tulpini studiate. Concentrațiile mai joase decât cele minime de inhibiție pot induce atât sporirea, cât și scăderea activității enzimatice la Escherichia coli ATCC®25923™ și Staphylococcus aureus ATCC®25922™. Cel mai eficient inhibitor al activității enzimatice la acele două tulpini dintre cei studiați este cloro-{N-(3,4-dimetilfenil)-2-[1-(2-hidroxifenil) etiliden]-hidrazincarbotio -amido(1-)}nichelul, care în concentrație de 0,4 µg/ml elimină complet activitatea catalazei extracelulare și o inhibă cu peste 70% pe cea a catalazei intracelulare. Universitatea de Stat de Medicină și Farmacie ”N.Testemițanu”

2018-01-01T00:00:00Z