Genetic significance and tracking of circulating SARS-CoV-2 variants in the Republic of Moldova

Abstract

Tracking the circulating variants of the SARS-CoV-2 virus and identifying new genetic variations provide a high-resolution perspective with many advanced applications, ranging from developing diagnostic tests and vaccines to real-time data for public health measures. This study aimed to investigate and assess the genetic variants of SARS-CoV-2 circulating in the Republic of Moldova to improve COVID-19 response strategies. A retrospective descriptive study was carried out in the National Public Health Agency virology laboratory. The study analysed 417 biological samples collected from patients infected with COVID-19, with SARS-CoV-2 presence confirmed by molecular biology techniques (Reverse transcription polymerase chain reaction (RTPCR)). Viral fragment sequencing was performed via the Ion Torrent Genexus sequencer, Pangolin, and GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) software. The Omicron variant underwent multiple genetic changes throughout 2022. Thus, these changes were divided into four distinct periods of SARS-CoV-2 genome evolution. The first period (January–March) was characterized by the predominance of BA.1* and its subvariants; the second period (March–June) by the predominance of the BA.2* sublineage and its subvariants; the third period (June–October) by the predominance of BA.4*/BA.5* and their subvariants; and, finally, in the fourth-period various sublineages, including BQ.1*, BN.1*, CC.1*, and XBB.1.5, became predominant. In conclusion, the implementation of advanced SARS-CoV-2 genome sequencing technologies in the Republic of Moldova has proven the importance of detecting novel viral mutations and their impact on the epidemic progression of the COVID-19 infection.

Monitorizarea variantelor circulante a virusului SARS-CoV-2 și detectarea apariției noilor variante genetice permite obținerea unei imagini de înaltă rezoluție, cu multiple aplicații avansate, de la dezvoltarea testelor de diagnostic și vaccinuri, până la informarea în timp real, asupra măsurilor de sănătate publică. Scopul studiului a fost cercetare și monitorizarea variantelor genetice ale virusului SARS-CoV-2 circulante în Republica Moldova în vederea perfecționării măsurilor de răspuns la COVID-19. A fost efectuat un studiu descriptiv retrospectiv în baza datelor laboratorului virusologic din cadrul Agenției Naționale pentru Sănătate Publică (Republica Moldova). Pentru studiu dat au fost analizate 417 probe biologice colectate de la pacienți cu infecția COVID-19, prezența virusului SARS-CoV-2 a fost confirmat prin tehnici de biologie molecură (RT-PCR). Secvențierea fragmentelor a fost efectuată cu secvențiatorul Ion Torrent Genexus și utilizarea programelor Pangolin și GISAID (Inițiativa globală privind partajarea tuturor datelor despre gripă). Varianta Omicron a suferit multe schimbări genetice pe tot parcursul anului 2022. Astfel, se poate distinge patru perioade de importanță semnificativă a schimbării genomului virusului SARS-CoV-2: prima perioada – ianuarie – martie predominarea BA.1* cu descendenții săi, a doua perioada – martie – iunie cu predominarea subliniei BA.2* cu descendenții, iar a treia perioada lunile iunie – octombrie predominarea BA.4*/ BA.5* cu descendenții și prin urmare a patra perioada - predominarea diverselor sublinii - BQ.1*, BN.1*, CC.1*, XBB.1.5. În concluzie, datorită implementării în Republica Moldova a noilor tehnologii privind secvențierea genomului virusului SARS-CoV-2 s-a demonstrat importanța cunoașterii procesului de apariție a mutațiilor noi de virus și influența acestora asupra procesului epidemic al infecției COVID-19.