Monitorizarea infecției COVID -19 prin secvențierea întregului genom și analiza filogenetică a izolatelor SARS-CoV-2

Abstract

Introducere: Secvenţierea întregului genom al coronovirusurilor şi publicarea datelor obţinute sunt esenţiale pentru evaluarea performanţei sistemelor de testare PCR utilizate, urmărirea răspândirii virusului, determinarea variabilitaţii sale genetice şi dezvoltarea vaccinului. Scopul lucrării. Identificarea variantelor de mutaţie a virusului SARS-CoV-2 cu analiza filogenetică a izolatelor circulante pe teritoriul Republicii Moldova. Materiale şi metode: Identificarea variantelor genetice şi determinarea tipului de mutaţii a fost efectuată prin metodă de secvenţierea fragmentelor cu ajutorul instrumentului Ion Torrent Genexus şi folosind programele Pangolin şi GISAID. Rezultatele secvenţierii a. 2021 - 105 probe secvenţiate cu următoarele rezultate: 46 probe varianta Alpha (B.1.1.7), 59 probe varianta Delta (B.1.617.2). Rezultatele secvenţierii a. 2022 - 144 probe secvenţiate din ele: 3 probe varianta Delta (B.1.617.2), 141 varianta Omicron (B.1.1.529), (57 linia BA.2; 84 probe linia BA.1). Concluzii: Secvenţierea genomului SARS-CoV-2 în RM a demonstrat predominarea variantei Delta - iulie a. 2021. Iar din ianuarie a. 2022 a fost identificat varianta Omicron cu predominarea liniei BA.1.