Abstract:
Background. Phenotypic drug susceptibility test (DST) is a recognized reference method for the
assessment of drug resistance in M. tuberculosis strains. Feasibility of the replacement of DST by faster
whole genome sequencing (WGS) techniques should be investigated. Objective of the study. To assess
the degree of correspondence between the culture-based DST and WGS results in multi-drug resistant
M. tuberculosis strains from the Republic of Moldova. Material and Methods. We analysed culture
based DSTs and compared them with the WGS results in multidrug resistant strains of M. tuberculosis,
available in the biobank of the National Reference Laboratory of Mycobacteriology for the years 2017-
2018. Results. Sixty-seven M. tuberculosis strains have been analysed. The genotypic versus
phenotypic concordance rate for the resistance to the first line tuberculosis (TB) drugs was: 98,5% in
isoniazid, 98,5% - rifampicin, 76,9% - ethambutol and 85,7% - pyrazinamide. In case of second line TB
drugs concordance rate was as follow: 94,9% in levofloxacin, 69,6% - ethionamide, 81,3% - amikacin,
65% - capreomycin. Most common mutations associated with TB drug resistance were for isoniazid -
katG S135T, rifampicin - rpoB S450L, levofloxacin-gyrA D94G and A90V, ethionamide-fabG1 -
15C>T, amikacin and capreomycin-rss1401a>g. Conclusion. WGS results for M. tubercuslosis strains
resistance are comparable with those obtain on culture-based DST. Standardization of laboratory
procedures and post-sequencing data interpretation is required for further clinical implementation of
WGS. Introducere. Testarea fenotipică a sensibilității la medicamente (TFSM) este considerată test de
referință în determinarea rezistenței la medicamente a tulpinilor de M. tuberculosis. Fezabilitatea
înlocuirii TFSM prin tehnici rapide de Whole Genome Sequencing (WGS) necesită a fi evaluată. Scopul
lucrării. De a stabili gradul de concordanță dintre rezultatele TFSM și datele rezistenței genotipice
obținute prin WGS în tulpinile multi-drog rezistente de M. tuberculosis din Republica
Moldova. Material și Metode. Au fost analizate rezultatele TFSM pe bază de cultură și comparate cu
rezultatele WGS a tulpinilor de M. tuberculosis disponibile în bio-banca Laboratorului Național de
Referință în Microbiologia Tuberculozei pentru perioada 2017-2018. Rezultate. În studiu au fost
incluse 67 tulpini multi-drog rezistente de M. tuberculosis. Rata de corespundere a rezistenței genotipice
pentru preparatele antituberculoase de linia întâi a constituit: izoniaziadă – 98,5%, rifampicină – 98,5%,
etambutol –76,9%, pirazinamidă-85,7%. În cazul medicamentelor de linia a doua, rata de corespundere
a constituit pentru: levofloxacină– 94,9%, etionamidă– 69,6%, amicacină– 81,3%, capreomicină– 65%.
Cele mai frecvente mutații responsabile pentru rezistența la medicamentele antituberculoase au fost
pentru izoniazidă-katG S135T, rifampicină-rpoB S450L, levofloxacina-gyrA D94G și A90V,
etionamidă-fabG1 -15C>T, amikacină și capreomicină-rss 1401a>g. Concluzii. Tehnicile WGS pot
oferi rezultate comparabile cu metodele clasice de TFSM. Standardizarea procedeelor de laborator și a
algoritmilor de interpretare post-secvențiere sunt indispensabile implementării clinice a WGS.
