Variabilitatea genetică a virusului SARS-CoV-2, varianta Omicron circulante pe teritoriul Republicii Moldova

Abstract

Introducere. Procesul de evoluție a virusului SARS-CoV-2 în populația umană denotă o serie de mutații și apariția variantelor noi mai virulente care au provocat multe valuri de pandemie. Genomul variantei Omicron a fost supus mai mult de 30 mutații în proteina S, asociate cu transmisibilitate mare, legare alterată la receptor și evaziune imună. Scopul lucrării. Monitorizarea și caracterizarea genetică a izolatelor variantei Omicron a virusului SARS-CoV-2 în Republica Moldova. Material și metode. S-a realizat un studiu descriptiv, retrospectiv în laboratorul virusologic din cadrul Agenției Naționale pentru Sănătate Publică. Au fost analizate 416 probe biologice colectate de la pacienți cu infecția COVID-19, prezența virusului SARS-CoV-2 confirmate prin RT-PCR. Secvențierea fragmentelor a fost efectuată cu secvențiatorul Ion Torrent Genexus și utilizarea programelor Pangolin și GISAID. Rezultate. Analiza datelor secvențierii s-a observat că varianta Omicron a suferit multe modificări genetice pe tot parcursul anului 2022. Rezultatele evaluării distinge patru perioade de importanță semnificativă a modificării genomului virusului SARS-CoV-2. Prima perioada (ianuarie – martie) sa înregistrat predominarea BA.1* cu descendenții săi (BA.1.1, BA.1.1.1, BA.1.1.13, BA.1.15, BA.1.17 ș. a.), a doua perioada (martie – iunie) cu predominarea subliniei BA.2* cu descendenții (BA.2.3, BA.2.75.2, BA.2.9, BA.2.12.1 și BA.2.14) urmată de a treia perioadă (iunie – octombrie) cu predominarea BA.4*/ BA.5* cu descendenții și în final a patra perioada (noiembrie-decembrie) în care sa observat predominarea diverselor sublinii - BQ.1*, BN.1*, CC.1*, XBB.1.5 cu descendenții săi. Concluzii. În urma studiului s-a constatat că multiple mutațiile caracteristice genomul variantei Omicron au condus la modificări semnificative ale proprietăților virusologice, cum ar fi transmisibilitate crescută, evaziune imună și tropism alterat.

Background. Since the appearance of the first variants of the SARS-CoV-2 virus in the human population, a series of mutant variants have appeared that have caused several waves of pandemics. Omicron variant genomes have more than 30 mutations in the S protein, including 15 amino acid substitutions in the receptor binding domain (RBD), which may be associated with higher transmissibility, altered receptor binding, and immune evasion. Objective of the study. Monitoring and genetic characterization of isolates of the Omicron variant of the SARS-CoV-2 virus in the Republic of Moldova. Material and methods. A retrospective descriptive study was performed in the virology laboratory of the National Public Health Agency. 416 biological samples collected from patients with COVID-19 infection were analyzed, the presence of the SARS-CoV-2 virus confirmed by molecular biology (PCR) techniques. Fragment sequencing was performed with the Ion Torrent Genexus sequencer and using Pangolin and GISAID programs. Results. According to the sequencing data, the Omicron variant underwent many genetic changes throughout 2022. Thus, four periods of significant importance of the change in the genome of the SARS-CoV-2 virus can be distinguished: the first period – January – March the predominance of BA.1* with his descendants (BA.1.1, BA.1.1.1, BA.1.1.13, BA.1.15, BA.1.17 etc.), the second period – March – June with the predominance of the BA.2* subline with descendants (BA .2.3, BA.2.75.2, BA.2.9, BA.2.12.1 and BA.2.14), and the third period the months of June - October the predominance of BA.4*/ BA.5* with the descendants and therefore the fourth period - predominance of various sublines - BQ.1*, BN.1*, CC.1*, XBB.1.5 with its descendants. Conclusions. The study found that the multiple mutations characteristic of the Omicron variant resulted in significant changes in virological properties such as increased transmissibility, immune evasion and altered tropism.