Genetic diversity analysis of the SARS-CoV-2 virus: a literature review

Abstract

Introduction. The continuous evolution of the SARS-CoV-2 virus through the accumulation of genetic mutations has led to the emergence of variants with different characteristics, including increased transmissibility, heightened resistance, and changes in disease severity. Material and methods. The research was conducted using open-access international databases such as PubMed, Google Scholar, and national libraries, employing the keywords: SARSCoV-2, COVID-19, genetic monitoring, mutation variants, sequencing, S protein. Results. Currently, the WHO identifies five major genetic variants of concern (VOCs): Alpha, Beta, Gamma, Delta, and Omicron. The Alpha variant became globally dominant in early 2021 and was replaced by the Delta variant in the summer of 2021. The Delta strain has over 13 mutations, nine of which are found in the S protein. The genome of the Omicron variant contains more than 30 mutations in the conserved domain of the Spike protein. The Omicron variant caused a sharp increase in the number of COVID-19 cases worldwide and was responsible for a record 15 million new infections reported worldwide in one week. Conclusions. The continuous evolution of the SARS-CoV-2 genome poses new challenges for public health. It is essential to study the virus's genetic characteristics to understand mutations, immune evasion, and the persistent effects of infection, with the aim of optimiz ing prevention and treatment strategies.

Introducere. Evoluția continuă a virusului SARS-CoV-2 prin acumularea mutațiilor genetice a generat variante cu diferite caracteristici, inclusiv o transmisibilitate crescută, rezistență sporită și modificări în severitatea bolii. Material și metode. Cercetarea a fost efectuată folosind bazele de date internaționale cu acces deschis – PubMed, Google Academic și bibliotecile naționale, utilizând cuvintele cheie: SARS-CoV-2, COVID-19, monitorizarea genetică, variante de mutații, secvențierea, proteina S. Rezultate. În prezent, OMS identifică cinci variante genetice majore de îngrijorare (VOC): Alpha, Beta, Gamma, Delta și Omicron. Varianta Alpha a devenit dominantă la nivel global la începutul anului 2021 și a fost înlocuită cu varianta Delta din vara anului 2021. Tulpina Delta are mai mult de 13 mutații, dintre care nouă se găsesc în proteina S. Genomul variantei Omicron are mai mult de 30 de mutații în domeniul conservat al proteinei Spike. Varianta Omicron a provocat o creștere bruscă a numărului de cazuri de COVID-19 la nivel mondial și a fost responsabilă pentru un record de 15 milioane de noi infectări raportate în lume în decurs de o săptămână. Concluzii. Evoluția continuă a genomului SARS-CoV-2 impune noi provocări pentru sănătatea publică. Este esențial să se studieze caracteristicile genetice ale virusului pentru a înțelege mutațiile, evaziunea imunității și efectele persistente ale infecției, în vederea optimizării strategiilor de prevenire și tratament.