Profilul genetic al mutaţiei JN.1 a virusului SARS-CoV-2 detectată în Republica Moldova

Abstract

Introducere. Tulpina JN.1 a virusului SARS-CoV-2 a fost descoperită pentru prima dată la sfârşitul anului 2023, aceasta a evoluat de la varianta BA.2.86. Subvarianta SARS-CoV-2 JN.1 a devenit dominantă la începutul anului 2024, iar studiile au arătat că aceasta determină o eficienţă redusă a vaccinurilor. Scop. Scopul acestui studiu este de a identifica şi caracteriza sistematic particularităţile genetice ale variantei virusului JN.1 pe baza secvenţierii genomice a probelor de SARS-CoV-2. Material şi metode. Au fost analizate 94 de fişiere FASTQ, obţinute prin secvenţierea a 47 de probe biologice ale virusului SARS-CoV-2, investigate în două runde. Procesul de secvenţiere a fost efectuat cu instrumentul Illumina MiSeq Dx, iar pentru identificarea mutaţiilor genetice ale variantei JN.1 au fost utilizate instrumentele Nextclade şi Pangolin. Rezultate. Analiza genomică a variantei JN.1 a relevat evoluţia virusului prin acumularea unor mutaţii specifice care pot afecta virulenţa şi rezistenţa sa la răspunsul imun. Aceste mutaţii includ peste 90 de substituţii de ami-noacizi, dintre care unele sunt dobândite de la predentul său BA.2.86, precum şi o mutaţie suplimentară L455S, localizată într-o regiune a domeniului de legare a receptorului (RBD). Alte mutaţii identificate în RBD-ul genomurilor analizate, precum E554K, N450D, K356T, L452W, A484K, V483del şi V445H, contribuie, de asemenea, la evitarea recunoaşterii de către anticorpii monoclonali multipli şi la diverse vaccinuri. Concluzii. JN.1 a fost pentru prima dată detectată în RM în anul 2024, demonstrând o divergenţă faţă de tulpina precedentă BA.2.86. În acest studiu a fost evidenţiată necesitatea monitorizării continue evolutivă a tuturor subliniilor pentru actualizarea viitoarelor vaccinuri COVID-19 bazate pe date genetice.

Introduction. The JN.1 strain of the SARS-CoV-2 virus was first discovered in late 2023, evolving from its previous variant - BA.2.86. The J N.1 subvariant of the SARS-CoV-2 virus has become dominant since early 2024, and studies have shown that it causes reduced effectiveness of currently used vaccines. Objective. The aim of this study is to systematically identify and characterize the genetic peculiarities of the JN.1 virus variant based on genomic sequencing of SARS-CoV-2 samples. Material and methods. 94 FASTQ files were analyzed, obtained by sequencing 47 biological samples from patients infected with SARS-CoV-2, investigated in two rounds. The sequencing process was performed with the Illumina MiSeq Dx instrument, and the Nextclade and Pangolin instruments were used to identify genetic mutations of the JN.1 variant. Results. Genomic analysis of the JN.1 variant revealed that the virus has evolved through the accumulation of specific mutations that may affect its virulence and resistance to immune response. These mutations include over 90 amino acid substitutions, some of which are acquired from its predecessor BA.2.86, as well as an additional L455S mutation, located in a region of the receptor binding domain (RBD). Other mutations identified in the RBD of the analyzed genomes, such as E554K, N450D, K356T, L452W, A484K, V483del, and V445H, also contribute to evasion of recognition by multiple monoclonal antibodies and various vaccines. Conclusion. JN.1 was first identified in the Republic of Moldova in 2024, demonstrating a divergence from the previous strain BA.2.86. This study highlighted the need for continuous evolutionary monitoring of all sublineages to update future COVID-19 vaccines based on genetic data.