Exploratory analysis of gene microarray datasets for molecular diagnosis

Abstract

The aim of the investigation was exploratory analysis of the free available expression microarray datasets for the identification of candidate genes hypothetically involved in manifestation of cardiovascular diseases. Applying developed methodology, there was determined a set of 6088 of candidate genes. These findings were validated through two sets of genes: cardiovascular priority genes and associated genes. It showed that 10 per cent of the genes belong to one of the list, while the other represents a set of special interest to be demonstrated their involvement in cardiovascular diseases. To be noted more then 2000 genes have no annotation and their functions still need to be clarified. This set of genes potentially can be applied for the development of a cardio-chip for the molecular diagnosis of various CV pathologies.

Analiza explorativă a seturilor microarray de gene pentru diagnosticul molecular Scopul lucrării a fost evidenţierea genelor implicate în bolile cardiovasculare prin analiza explorativă a seturilor de date microarray. Pentru extragerea şi prelucrarea datelor a fost utilizată o metodologie de lucru, elaborată în cadrul Laboratorului de Bioinformatică, CUBM, UnAŞM. În baza nivelului de expresie a genelor analizate, a fost determinat un set de 6088 gene candidate, ipotetic implicate în bolile cardiovasculare. Aceste rezultate au fost validate în baza a două liste de gene: gene cardiovasculare prioritare şi gene asociate bolilor cardiovasculare. În urma validării, s-a stabilit că 10% din gene aparţin uneia din liste, în timp ce celelalte gene reprezintă interes deosebit pentru cercetare, fiind lipsite de dovezi privind implicarea lor în bolile cardiovasculare. Genele identificate în urma analizei, vor putea fi utilizate pentru elaborarea unui cardio-chip pentru diagnosticul molecular al patologiilor cardiovasculare.