Genomic surveillance of wastewater for SARS-CoV-2 detection in the Republic of Moldova

Abstract

This research study explored the diversity and prevalence of SARS-CoV-2 genetic lineages in wastewater samples collected from the Chişinău wastewater treatment plant in the Republic of Moldova between September and November 2024. A total of 23 samples were analysed using Illumina sequencing technology. Although the overall quality of the sequencing data was suboptimal due to limited genomic coverage, the analysis identified 32 genetic lineages based on the Pango Lineages classification. The most common variants detected included B.1.177.66, B.1.1.243, and B.1.160.32. The study emphasises the importance of optimising the RNA extraction process from wastewater to improve genome coverage and data accuracy. These findings provide a foundation for future investigations involving sequencing genetic material obtained from environmental samples, suggesting the applicability of wastewater surveillance to other types of pathogens or assessing the resistome through metagenomic technology.

În cadrul prezentului studiu a fost evaluată diversitatea și abundența liniilor genetice ale virusului SARSCoV-2 în probe de ape uzate colectate la stația de epurare din Chișinău, Republica Moldova în perioada septembrie - noiembrie 2024. Au fost analizate 23 probe de ape reziduale utilizând secvențierea prin tehnologia Illumina. Deși calitatea generală a datelor de secvențiere a fost suboptimală, acoperirea genomică fiind redusă, studiul a permis identificarea a 32 linii genetice conform clasificării Pango Lineages. Printre cele mai abundente variante s-au numărat B.1.177.66, B.1.1.243 și B.1.160.32. În scopul îmbunătățirii acoperirii genomice și acurateții rezultatelor, în lucrare este subliniată importanța optimizării etapei de extracție a ARNului din ape uzate. Studiul oferă premise pentru viitoare investigații privind secvențierea materialului genetic obținut din probe de mediu, sugerând astfel aplicabilitatea monitorizării apelor uzate la alte tipuri de patogeni sau la evaluarea rezistomului prin tehnnologia metagenomică.